De las 66 indagatorias, la Fiscalía Especial para Delitos contra Mujeres y Trata de Personas tiene abiertas siete

Procuraduría General de la República (PGR) tiene abiertas 66 averiguaciones previas contra elementos de la Secretaría de la Defensa Nacional (Sedena) por delitos como tortura, desaparición forzada, violación, homicidio, abuso de autoridad y privación de libertad.
Los posibles delitos habrían ocurrido en Nayarit, Guerrero, Zacatecas, Nuevo León, Tabasco, Tamaulipas, Colima, Coahuila, Veracruz, San Luis Potosí, Estado de México, Michoacán, Durango, Sonora, Baja California, Oaxaca, Chihuahua.
De 66 averiguaciones previas, la Fiscalía Especial para Delitos de Violencia contra Mujeres y Trata de Personas tiene abiertas siete. Dos por violación y abuso de autoridad, el mismo número por hostigamiento sexual, otra por lesiones y violación, una por tortura, y otra por homicidio y abuso de autoridad.
De 2013 a la fecha suman 37 averiguaciones en etapa de investigación en la Dirección General de Atención y Seguimiento a Recomendaciones y Conciliaciones en materia de Derechos Humanos.
La Fiscalía Especializada de Búsqueda de Personas Desaparecidas tiene 15 averiguaciones previas por desaparición forzada contra militares; de estos actos cuatro ocurrieron en Chihuahua; tres en Coahuila, dos en Guerrero y Tamaulipas, respectivamente. El resto en Michoacán, Sinaloa, Veracruz y Jalisco.
La Unidad Especializada en Delitos Cometidos por Servidores Públicos y Contra la Administración de la Justicia tiene en investigación seis casos; tres por homicidio en Chihuahua y Oaxaca; uno contra la administración de la justicia en Tabasco, uno más por homicidio en Veracruz y otro en San Luis Potosí por abuso de autoridad.
Los señalamientos contra soldados por actos de tortura y malos tratos se evidenció en un video en el que se observan a dos militares y tres policías federales torturar a una civil en Ajuchitlán del Progreso, Guerrero; esa situación causó descontento del secretario de la Defensa Nacional, Salvador Cienfuegos Zepeda, y ofreció disculpas públicas a la sociedad.
El 5 de enero de 2016, la Procuraduría General de Justicia Militar cumplimentó orden de aprehensión contra dos militares como presuntos responsables del delito de desobediencia.
En fuero de guerra el juez Quinto Militar dictó auto de formal prisión el 11 de enero y fueron internados a prisión militar.
PGR, por medio de la Unidad Especializada en Investigación del Delito de Tortura, inició la averiguación previa el pasado 7 de enero.
Otro caso reciente fue el de Tlatlaya el 30 de junio de 2014, donde 22 civiles fueron muertos por soldados cuando se habían rendido, según las investigaciones y el informe de la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH).